Todo parte a la iglesia llegan una anciana llamada Leonila y su sobrina Antonia, una joven "que nada sabe del mundo". Al ver la belleza de Antonia, dos caballeros les ceden sus asientos. Uno de ellos, Lorenzo de Medina, se ofrece a la joven para servirla durante su estancia en la capital, a donde ambas mujeres acaban de llegar para pedir a Raimundo, conde de Las Cisternas, heredero del recientemente fallecido marqués de Las Cisternas, abuelo de Antonia, que le renueve la pensión que el difunto le había asignado a su madre, hija de un zapatero cordobés que se había casado a escondidas con el hijo del marqués. Muerto el hijo, el marqués asignó dicha pensión a la madre de Antonia a condición de no volver a oír hablar de ellas. Lorenzo, que conoce a Raimundo, se compromete a abogar en su favor ante él, quien al comienzo parece todo un compendio de virtudes, pero que posee también de un grave defecto: el orgullo; y es dominado por una fijación algo "anormal" hacia un cuadro de la virgen, bellísima, que adorna su habitación. Tiene un joven amigo en el monasterio, el talentoso Rosario, quien en una escena melodramática confesará en medio de lágrimas y gemidos al monje que en realidad pertenece al sexo femenino, además de amarlo sincera y apasionadamente. En un comienzo Ambrosio se horroriza ante la posibilidad de convivir con una mujer dentro del monasterio, pero acaba sucumbiendo ante los encantos de Matilde -nombre "verdadero" de Rosario-. Con el paso de los días Matilde deja atrás su imagen de niña buena y su conducta se vuelve cada vez más descarada, y demuestra ser capaz de usar medios "prohibidos" para conseguir sus propósitos. El monje termina abandonando todos sus anteriores escrúpulos y no duda en usar por medio de Matilde la ayuda del diablo para poder acceder carnalmente a la ingenua Antonia, a quien venía visitando con la excusa de confesar a su madre enferma. La primera vez falla en su intento, pero se ve obligado a asesinar a la madre de Antonia para cerrarle la boca.
Al final de la obra el círculo se cierra. El marqués de las cisternas novio de Inés y Lorenzo, hermano de ella, creen ha sido asesinada por la superiora del convento como castigo por estar embarazada (al comienzo del libro es el monje quien primero se da cuenta de su estado, al encontrar una carta dirigida a su novio durante una confesión, y sin ninguna piedad la entrega a la superiora para que le de su merecido) , y con ayuda de la hermana santa Úrsula y usando una orden del cardenal-duque trata de arrestarla para llevarla a ante la inquisición, pero en vista de la horrible historia contada por Ursula sobre la manera cruel y humillante en que fue muerta Inés, el populacho (como lo llama el autor) enardecido acaba con ella y con el convento. Al darse cuenta del peligro que corren las demás monjas, Lorenzo con un grupo de soldados ingresa al convento para ayudarlas, y por coincidencia entran en la cripta subterránea donde en ese momento están el monje, Matilde y la desdichada Antonia, a quien Ambrosio pretende dejar encerrada ahí de por vida. Lorenzo y sus compañeros, también con cierta ayuda por parte de la casualidad, encuentran un pasadizo inferior en el que hay un cuartucho donde una mujer encerrada, quien al final resulta ser...
Y mientras tanto Antonia, al ver el ruido de los soldados intenta escapar, pero es asesinada a puñaladas por el monje, quien es capturado.
Al final de la obra el círculo se cierra. El marqués de las cisternas novio de Inés y Lorenzo, hermano de ella, creen ha sido asesinada por la superiora del convento como castigo por estar embarazada (al comienzo del libro es el monje quien primero se da cuenta de su estado, al encontrar una carta dirigida a su novio durante una confesión, y sin ninguna piedad la entrega a la superiora para que le de su merecido) , y con ayuda de la hermana santa Úrsula y usando una orden del cardenal-duque trata de arrestarla para llevarla a ante la inquisición, pero en vista de la horrible historia contada por Ursula sobre la manera cruel y humillante en que fue muerta Inés, el populacho (como lo llama el autor) enardecido acaba con ella y con el convento. Al darse cuenta del peligro que corren las demás monjas, Lorenzo con un grupo de soldados ingresa al convento para ayudarlas, y por coincidencia entran en la cripta subterránea donde en ese momento están el monje, Matilde y la desdichada Antonia, a quien Ambrosio pretende dejar encerrada ahí de por vida. Lorenzo y sus compañeros, también con cierta ayuda por parte de la casualidad, encuentran un pasadizo inferior en el que hay un cuartucho donde una mujer encerrada, quien al final resulta ser...
Y mientras tanto Antonia, al ver el ruido de los soldados intenta escapar, pero es asesinada a puñaladas por el monje, quien es capturado.
